(一)菌肥最适合在温度15-25度、湿度60-70%左右(地旱时先浇水后施菌肥)的温暖/凉爽且湿润的环境中使用，不适合在30-35度以上高温或5-10度以下低温、土壤干旱气候干燥或天气连续阴雨、田间积水积涝的环境下使用，这样的环境下使用菌肥，会造成菌肥中菌活性降低或者菌大量死亡。

　　(二)菌肥最适合在晴天的清晨或傍晚、阴云无雨的天气使用，中午光照强、气温炎热的时间段不适合使用菌肥，否则施入到地里的活菌会被高温强光大量杀死。

　　(三)菌肥最适合在土壤有机质含量较高的农田土壤里使用，或者把菌肥搭配腐熟有机肥一起使用，土层浅薄、土壤有机质匮乏的农田土壤不适合使用菌肥，因为活菌施入到地里以后会致使微生物菌因为匮乏食物(有机质是活菌食物的主要来源)而丧失活性或大量死亡。

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